Das European-Mediterranean Seismological Centre (EMSC) gab die Stärken mit 4,8 und 4,6 an. Die Epizentren lagen erneut rund 45 Kilometer südöstlich von Zagreb. Von neuen Opfern wurde zunächst nichts bekannt.
"Was noch nicht von den Ruinen der Stadt heruntergefallen ist, ist jetzt heruntergefallen", sagte der Bürgermeister von Petrinja, Darinko Dumbovic, im staatlichen Fernsehen HRT.
Das Erdbeben hatte am Dienstag mit einer Stärke von 6,4 das Zentrum von Petrinja und das der nahe gelegenen Kreisstadt Sisak verwüstet. Mindestens sieben Menschen waren ums Leben gekommen, unter ihnen ein zwölfjähriges Mädchen, weitere zwei Dutzend hatten Verletzungen erlitten.
Insgesamt seien in den letzten 49 Stunden in Kroatien 38 Erdstöße verzeichnet worden, berichtete das Nachrichtenportal "jutarnji.hr". Bereits am Montag hatte die Erde zum ersten Mal gebebt. Erdstöße der Stärke 5,2 und 5,0 hatten zunächst nur Sachschaden angerichtet.
Kroatische Seismologen rechnen mit weiteren Beben. In Petrinja verbrachten viele Menschen die Nacht zum Mittwoch aus Angst vor weiteren Erdstößen im Freien oder in ihren Autos, berichteten kroatische Medien.
Das Erdbeben vom Dienstag war bis nach Bayern spürbar.